基因編輯動物在生物科學和醫(yī)學研究中發(fā)揮著重要作用，在農業(yè)領域展現(xiàn)出實際應用潛力。隨著基因編輯技術的發(fā)展，基因編輯動物的數量快速增長。學界越來越關注基因編輯系統(tǒng)對生物基因組的影響以及基因編輯動物可能出現(xiàn)的新發(fā)突變問題。目前，關于基因編輯動物數據的整理、匯總及標準化分析相對缺乏，限制了研究人員挖掘和利用這些數據。

近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）趙文明團隊、昆明動物研究所王國棟研究組、遺傳與發(fā)育生物學研究所張永清研究組，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上發(fā)表了題為VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species的研究成果。該團隊從實驗室基因編輯猴和基因編輯犬出發(fā)，收集、整理并分析了目前具有家系全基因組數據的相關數據集，構建了基因編輯動物新發(fā)突變數據庫VDGE，實現(xiàn)了基因編輯動物新發(fā)突變的標準化分析、整合和展示，為相關數據的挖掘和利用提供了綜合信息平臺。

VDGE包括物種、家系、樣本、目標突變、變異和相關基因6個關鍵模塊。目前，VDGE的數據主體來源于具有家系全基因組測序數據的相關數據集，涵蓋恒河猴、食蟹猴和犬等物種的107個動物家系、174個全基因組測序樣本、56個目標突變、115,710個變異和12,708個相關基因。同時，VDGE整合了部分缺乏全基因組測序數據的基因編輯豬和犬以及與它們相關的目標突變信息。未來，VDGE將整合更多的基因編輯物種以及多種類型的變異數據，為科研人員提供更全面和多樣化的數據資源平臺。

研究工作得到科技創(chuàng)新-2030重大項目、國家重點研發(fā)計劃、中國科學院戰(zhàn)略性先導科技專項等的支持。

VDGE數據庫

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