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犬種表型的多樣性以及犬和人類相關的遺傳疾病風險,使犬類成為研究復雜性狀遺傳基礎和人類生物醫(yī)學模型的理想對象。國際合作項目Dog10K旨在揭示犬類的表型多樣性、疾病、行為和馴化歷史的遺傳基礎。為了更好地展示與利用這些數(shù)據(jù),中國科學院昆明動物研究所王國棟學科組等建立了綜合性犬類多組學數(shù)據(jù)庫——Dog10K數(shù)據(jù)庫。
Dog10K數(shù)據(jù)庫整合了1,987只犬類基因組的單核苷酸變異、43個犬種的新發(fā)突變、105,057個海馬的單核轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、74,067個白細胞的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及30個在已發(fā)表犬科研究中獲取的不同年齡的血液轉(zhuǎn)錄組樣本。該數(shù)據(jù)庫提供了可視化、統(tǒng)計分析、瀏覽、搜索和下載等功能。同時,該數(shù)據(jù)庫整合了3種分析工具即Selscan、LiftOver和AgeConversion,以幫助研究人員定制化地分析組學數(shù)據(jù)。
Dog10K數(shù)據(jù)庫將為分析、展示和利用犬類多組學數(shù)據(jù)提供基礎性平臺,有助于推動復雜性狀及遺傳疾病相關研究,促進學術合作與研究成果共享。
近日,相關研究成果以Dog10K: An integrated Dog10K database summarizing canine multi-omics為題,發(fā)表在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上。研究工作得到國家自然科學基金、科技創(chuàng)新2030-“腦科學與類腦研究”重大項目、昆明市“春城計劃”等的支持。
數(shù)據(jù)庫概覽
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