在代謝路徑設(shè)計領(lǐng)域，尋找能夠催化非天然反應(yīng)的候選酶是具有挑戰(zhàn)性的工作。雖然現(xiàn)有一些方法可以根據(jù)相似反應(yīng)識別潛在酶，但在反應(yīng)類型識別和后續(xù)酶篩選評估等方面存在不足，難以有效幫助實驗科學(xué)家快速篩選候選酶進(jìn)行實驗驗證。

近日，中國科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所生物設(shè)計中心發(fā)布了集成的反應(yīng)酶挖掘與評估平臺——REME（https://reme.biodesign.ac.cn）。該平臺結(jié)合底物原子到產(chǎn)物原子映射、原子類型變化識別和反應(yīng)相似性計算，實現(xiàn)了相似反應(yīng)的計算、快速排序和可視化。用戶可以根據(jù)功能基團(tuán)篩選相似反應(yīng)，并進(jìn)一步通過酶號或序列同源性篩選或擴(kuò)展候選酶。REME平臺結(jié)合多種人工智能方法對候選酶進(jìn)行多角度評估，幫助科研人員迅速識別潛在酶。REME平臺為非天然反應(yīng)的酶挖掘和評估提供了新的解決方案。

相關(guān)研究成果發(fā)表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上。研究工作得到國家自然科學(xué)基金、中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項、天津市合成生物技術(shù)創(chuàng)新能力提升行動專項及合成生物學(xué)海河實驗室創(chuàng)新基金等的支持。

論文鏈接

反應(yīng)酶挖掘與評估平臺